Laboratoř plynové chromatografie slouží zejména k analýzám plynů, kapalin a částečně i pevných látek. Základem vybavení je plynový chromatograf s hmotnostním spektrometrem GRIFFIN 460 od americké firmy FLIR s příslušenstvím rozšiřujícím jeho použitelnost. V laboratoři je dále k dispozici Ramanův spektrometr FirstDefender RMX a fotoionizační detektory pro stanovení těkavých látek v ovzduší od firmy RAE Systems.