Laboratoře FBI slouží zejména pro uskutečňování akreditovaných studijních programů a programů celoživotního vzdělávání a v souvislosti s tím pro vědeckou, výzkumnou, vývojovou a inovační nebo další tvůrčí činnost. V souvislosti s plněním svého základního úkolu mohou být využívány i pro související doplňkovou činnost.
Organizačně je provoz a rozvoj laboratoří podřízen proděkanovi pro vědu a výzkum. Provoz laboratoří a výpočetní techniky zajišťuje správu laboratoří.